Final Fantasy Legend of the Crystals > Histoire

L'histoire se passe sur la planète R dans le Royaume de Tycoon. Linary et son grand père sont les descendants d'un des héros qui a tué Ex-Death dans Final Fantasy V.
Depuis cet acte héroïque, la vie s'écoulait paisiblement depuis ce temps, mais depuis peu une nouvelle menace semble se profiler à l'horizon. En effet, trois des quatre cristaux qui servent à maintenir en vie le monde R ont été volés. Il ne reste plus que le Cristal du Vent.
Et justement, Linary et son grand-père ont pour mission de garder ce cristal : ils se rendent donc au Sanctuaire pour savoir si le cristal va bien. Pritz un ami de Linary décide de les accompagner (et cela contre l'avis du grand-père qui n'arrête pas de lui dire de rentrer chez lui). En chemin ils se font attaquer par un monstre, le grand-père est blessé et Pritz et Linary poursuivent le chemin à deux. Avant d'arriver au sanctuaire ils se feront attaquer par la bande du Pirate Rouge (La Pirate Rouge) mais ils réussiront quand même à accéder au Cristal du Vent. Et là, le cristal entre dans le corps de Linary !

C'est le début de l'aventure pour elle et Pritz ! Ils devront se battre contre DeathGuynos, le dieu des Ténèbres dont le but est de conquérir l'univers !